Токийский залив сотрясает взрыв. Гигантский океанский лайнер «Белл Тринити», только что отошедший от причала, превращается в огненный шар. Среди хаоса и паники Конан Эдогава понимает, что это не случайность — на борту находился высокопоставленный чиновник, курирующий секретный проект по созданию системы глобального спутникового наблюдения. Но главная загадка ждет впереди: на месте трагедии обнаружены улики, указывающие на причастность Рей Фуруи, агента ФБР, работающего под прикрытием в организации «Черная». Сам Фуруи, известный как Бурбон, исчезает, а его следы ведут к загадочной фигуре — Палачу Зеро, легендарному киллеру, который, по слухам, не оставляет свидетелей. Конан оказывается втянут в смертельную игру, где каждый шаг может стать последним, а союзники превращаются во врагов.
Параллельно с расследованием Конан сталкивается с тайной, которую Фуруи хранил годами. Оказывается, Палач Зеро — это не один человек, а кодовое имя для секретной ячейки внутри самой организации, чья цель — уничтожить всех, кто знает о проекте «Ноев ковчег». Конан, объединившись с Ран и отрядом полиции, пытается опередить убийцу, но каждый раз попадает в ловушку. В финальной схватке на заброшенной военной базе выясняется, что настоящий Палач Зеро — это человек, которого Фуруи считал своим наставником. Конан использует свои дедуктивные способности, чтобы раскрыть правду: взрыв на лайнере был лишь отвлекающим маневром, а главная цель — уничтожить базу данных, способную раскрыть всех агентов под прикрытием. В решающий момент Фуруи жертвует собой, чтобы остановить бомбу, но Конан успевает найти выход, спасая всех. Однако финал оставляет горький привкус: Палач Зеро мертв, но его наследие продолжает жить, а Фуруи, чья репутация разрушена, навсегда остается в тени.
