Синъити Кудо, известный как Синъити Кудо, а ныне — вечно юный детектив Конан Эдогава, получает приглашение от таинственного миллиардера. Тот собирает лучших детективов мира на своем роскошном авиалайнере, летящем в Сингапур. Цель — разгадать тайну «Голубого сапфира», легендарного драгоценного камня, который, по слухам, был утерян на дне морском вместе с сокровищами пиратов. Конан, разумеется, летит в компании профессора Агасы и Мори с Ран. Однако идиллия рушится в тот же миг: на борту происходит убийство, а сам сапфир, который должен был стать главным призом, оказывается похищен. Конан начинает расследование, но вскоре выясняется, что за этим стоит не просто ограбление, а нечто куда более масштабное — заговор, способный потрясти весь Сингапур.
Параллельно с этим в Сингапуре оказывается и Кайто Кид, легендарный призрачный вор. Его цель — тот же самый сапфир, но по своим причинам. Кид постоянно вмешивается в расследование Конана, то помогая, то путая следы. Их противостояние перерастает в опасную гонку по ночным улицам Сингапура, от футуристических небоскребов Марина Бэй до древних храмов. Конану приходится не только раскрыть убийство, но и понять, почему Кид так отчаянно пытается заполучить камень. В процессе выясняется, что «Голубой сапфир» — это ключ к наследию пиратов, которое может дать невероятную власть. Ран, оказавшись втянутой в водоворот событий, сталкивается с призраком прошлого, а Конан, рискуя жизнью, должен предотвратить катастрофу, которая грозит уничтожить город. Финал раскрывает не только тайну камня, но и горькую правду о связи Кида с этим делом, заставляя Конана взглянуть на своего вечного врага с новой стороны.
