Второй сезон «Космического линкора Тирамису» подхватывает историю ровно в тот момент, когда зритель уже привык к абсурду. Субару Итиносэ, лучший пилот Земной Федерации, продолжает нести службу на флагманском корабле, но теперь его внутренний космос расширяется. Если в первом сезоне он просто искал уединения в кабине своего мобильного дроида «Дюрандаль», то теперь его попытки побыть наедине с собой превращаются в настоящие философские трагедии. Он пытается медитировать в открытом космосе, но его скафандр начинает издавать звуки работающего холодильника. Он хочет просто выпить чай, но гравитация предательски выключается именно в тот момент, когда он подносит кружку к губам. Враг, космический союз «Гассан», по-прежнему атакует, но их планы рушатся не из-за военной мощи Федерации, а из-за того, что Субару застревает в люке или путает кнопки аварийного сброса с кнопками кондиционера.
Параллельно развивается линия его брата-близнеца Исудзу, который теперь официально числится на стороне врага, но на деле просто хочет, чтобы Субару обратил на него внимание. Их встречи в бою больше напоминают ссору в песочнице, где вместо лазеров летят упреки вроде «Ты опять не помыл за собой посуду!». Экипаж «Тирамису» окончательно смиряется с тем, что их лучший пилот — это социопат с обсессивно-компульсивным расстройством и любовью к упаковке сэндвичей. Капитан пытается проводить планерки, но Субару смотрит сквозь него, размышляя о том, как идеально ровно лежит салфетка на столе. Второй сезон — это не про спасение галактики, а про то, как трудно быть гением, когда у тебя зачесалась спина прямо во время космического сражения, а дотянуться до нее мешает ремень безопасности. Каждая серия — это новый виток паранойи и бытового косплея, где Субару воюет не с инопланетянами, а с собственной тенью, которая, по его мнению, слишком нагло себя ведет.