Второй сезон «Терраформирования» начинается с того, что выжившая команда «Багс 2» возвращается на Землю. Они привозят с собой не только образцы клеток тараканов, но и шокирующую правду: мутировавшие насекомые на Марсе обладают разумом и жестокостью, превосходящей человеческую. Однако радость от возвращения омрачена — корпорация, финансировавшая миссию, немедленно изолирует героев, а общественность узнаёт лишь отфильтрованную версию событий. Параллельно раскрывается, что тараканы не просто выжили, а создали на Марсе собственную цивилизацию, используя человеческие технологии, оставленные предыдущими экспедициями. Их лидер, гигантский таракан с уникальными способностями, начинает готовить ответный удар, и первая атака происходит на орбитальной станции, где содержатся выжившие.
Вторая половина сезона переносит действие обратно на Марс, куда отправляется новая, более мощная экспедиция, оснащённая экспериментальным оружием и усиленными бойцами. Но планета встречает их не просто агрессивными монстрами — тараканы научились использовать терраформированную атмосферу как оружие, создавая смертоносные газовые ловушки и управляя климатом. Главный конфликт разгорается вокруг секретной базы, где хранятся данные о происхождении вируса, превратившего тараканов в чудовищ. Выясняется, что мутация была не случайной, а спланированной частью эксперимента по созданию идеальных солдат. Финал сезона оставляет зрителя на грани: один из ключевых персонажей принимает дозу вируса, чтобы получить сверхсилы и остановить вторжение, но цена этого выбора оказывается катастрофической — он начинает терять человечность, а на Земле уже высаживаются первые десантные отряды тараканов, готовые начать полномасштабную войну.