Пятый сезон «Тетради дружбы Нацумэ» начинается с того, что Такаси Нацумэ, уже привыкший к своей роли посредника между мирами людей и ёкаев, сталкивается с новым испытанием. Внезапно он начинает терять контроль над своей силой: духи, которых он отпустил, возвращаются, а тетрадь, где записаны их имена, начинает вести себя странно. Вскоре выясняется, что это не случайность — кто-то или что-то пытается разорвать связь Нацумэ с прошлым, заставляя его переживать самые болезненные моменты детства. Вместе с верным Мадокой и котом-талисманом Ньянко-сэнсэем он отправляется на поиски источника этой аномалии. По пути Нацумэ встречает ёкаев, которые когда-то были его врагами, но теперь просят о помощи, и сталкивается с тайной, уходящей корнями в историю его бабушки Рэйко. Оказывается, что завеса между мирами истончается, и если не восстановить баланс, то и люди, и духи могут навсегда потерять друг друга.
Параллельно с этим Нацумэ всё глубже погружается в разгадку собственного прошлого. Он находит старые письма Рэйко, адресованные загадочному ёкаю, который, возможно, знал правду о его семье. В поисках ответов он путешествует по местам, где когда-то бродила его бабушка, и встречает духов, которые помнят её не как жестокую заклинательницу, а как одинокую девушку, пытавшуюся найти друзей. Ньянко-сэнсэй, обычно циничный и ленивый, неожиданно проявляет серьёзность, понимая, что ставки выше, чем казалось. В финале сезона Нацумэ приходится сделать трудный выбор: либо навсегда отказаться от тетради и силы видеть духов, чтобы защитить своих близких, либо принять свою судьбу и рискнуть всем. Он решает не бежать от своего дара, а использовать его, чтобы примирить два мира, даже если это означает столкнуться с самым страшным ёкаем из легенд — тем, кто питается человеческими воспоминаниями. Сезон заканчивается на горько-сладкой ноте: Нацумэ понимает, что некоторые тайны лучше оставить неразгаданными, но дружба, которую он обрёл, стоит любой боли.
