Кирито и Асуна, уже привыкшие к мирной жизни в Айнкраде, получают необычное приглашение. В одной из тихих деревень на двадцать втором этаже появляется загадочная девушка по имени Элис. Она не игрок, а уникальный NPC, созданный, по слухам, самим Каябой Акихико. Элис обладает странной способностью — она может видеть «нити судьбы», связывающие людей, и утверждает, что её задача — исправить разорванные связи между игроками. Кирито, всегда скептически относящийся к скрытым квестам, замечает, что Элис ведёт себя слишком осознанно для обычного персонажа. Она помнит события, которых не было в официальной истории мира, и называет Кирито по имени, хотя он никогда не представлялся ей. Вскоре выясняется, что Элис — экспериментальный прототип системы полного погружения сознания, запущенный Каябой незадолго до своей смерти. Её код повреждён, и она постепенно теряет память, стирая саму себя. Единственный способ спасти её — найти скрытый терминал на неисследованном семьдесят пятом этаже, где хранится резервная копия её личности.
Асуна первой понимает, что Элис не просто программа, а отражение реальной девочки, чьё сознание было скопировано в игру перед смертельной операцией. Кирито разрывается между желанием помочь и страхом, что это очередная ловушка, способная разрушить их хрупкий мир. Вместе с Кляйном и Лизбет они отправляются в опасное путешествие по этажам, где сталкиваются с глитчами реальности — монстрами, которые ведут себя как люди, и локациями, меняющимися в зависимости от эмоций Элис. В финале, добравшись до терминала, Кирито узнаёт шокирующую правду: Элис — это цифровой призрак его младшей сестры Сугухи, которая тайно вошла в игру, чтобы найти брата, но её сознание застряло между мирами. Единственный выход — стереть её личность, чтобы освободить душу, или рискнуть и попытаться интегрировать её в систему как полноценного игрока, что может обрушить сервер. Кирито выбирает третий путь — он взламывает код, превращая Элис в «бабочку», свободное существо, которое может перемещаться между виртуальными мирами. Она исчезает, оставляя лишь серебряное крыло на память, и Кирито навсегда запоминает, что даже в цифровой клетке есть место для безответной, но чистой любви.