Второй сезон «Чёрного клевера» начинается с того, что Аста и его отряд «Чёрные быки» возвращаются после инцидента в храме водных духов. Королевство Клевер всё ещё зализывает раны после вторжения алмазных рыцарей, но в воздухе витает напряжение. Аста, лишившийся магии, но получивший новый меч и контроль над антимагией, пытается привыкнуть к своим силам. Однако спокойствие длится недолго: в столицу прибывают послы из соседнего Королевства Сердца, которые приносят тревожные вести о пробуждении древнего зла. Параллельно выясняется, что магическая атака на храм была лишь отвлекающим манёвром — настоящая угроза исходит от тайного общества «Глаза Бога-дьявола», которое собирает могущественные артефакты, чтобы воскресить демона. Аста, Юно и другие капитаны магических отрядов понимают, что старые распри между королевствами должны отойти на второй план, иначе мир будет уничтожен.
События набирают обороты, когда «Глаза Бога-дьявола» похищают принцессу Королевства Сердца, и Аста с товарищами отправляются в опасное путешествие через земли, искажённые тёмной магией. Там они сталкиваются с элитными воинами культа, каждый из которых владеет уникальной и смертоносной магией. В это время Юно, получивший звание мага первого класса, вступает в схватку с лидером культа — загадочным магом по имени Лихт, который оказывается не просто врагом, а жертвой древнего проклятия. В финальной битве Аста, используя свою антимагию в сочетании с силой демона внутри себя, пробивает защиту Лихта, но это приводит к неожиданному эффекту: печать, сдерживающая настоящего демона, начинает разрушаться. Сезон заканчивается клиффхэнгером: небо над королевством затягивается тьмой, а из разлома в пространстве появляется гигантская рука, готовая уничтожить всё живое. Аста, истекая кровью, но не сдаваясь, встаёт на пути этой силы, понимая, что настоящая война только начинается.
