Третий сезон начинается с того, что Сайтама и Дженос продолжают свою рутинную жизнь, но напряжение в Ассоциации героев достигает предела. После событий с вторжением инопланетян и пробуждения древнего монстра, руководство осознает, что их рейтинговая система трещит по швам. В тени появляется таинственная организация, которая манипулирует монстрами изнутри, заставляя их объединяться в стаи и атаковать города синхронно. Сайтама, как обычно, не воспринимает угрозу всерьез, но его друзья — Банга, Фубуки и даже Генос — оказываются втянуты в расследование. Параллельно раскрывается, что некоторые герои высшего ранга скрывают темные секреты, а один из них, возможно, работает на врага. Сюжет резко ускоряется, когда в пустыне за городом Z находят руины древней цивилизации, где, по слухам, хранится артефакт, способный управлять монстрами. Сайтама, случайно забредший туда в поисках скидок в супермаркете, сталкивается с существом, которое не исчезает после одного удара — это первый намек на то, что его сила может иметь предел.
Во втором акте сезона герои разделяются: одни пытаются остановить нашествие мутировавших тварей, другие ищут источник заражения. Генос получает серьезные повреждения в битве с лидером монстров, который оказывается бывшим героем, сошедшим с ума от жажды власти. Сайтама, наконец, проявляет интерес, когда видит, что его ученик на грани смерти. Он врывается в логово врага, но там его ждет ловушка — пространственный разрыв, который отправляет его в альтернативное измерение, где время течет иначе. В этом мире нет людей, только бесконечные орды монстров, и Сайтама впервые задумывается о смысле своей силы. Тем временем в реальном мире Ассоциация героев объявляет чрезвычайное положение, и даже король S-класса, который обычно бездействует, вынужден вступить в бой. Финал сезона обрывается на клиффхэнгере: Сайтама возвращается из измерения, но его внешность меняется — он выглядит старше и уставшим, а на его лице появляется шрам. Он молча смотрит на руины города и произносит всего одну фразу: «Похоже, я пропустил распродажу». Зритель понимает, что за кажущейся легкостью скрывается трагедия, и что мир героев больше никогда не будет прежним.
