Двадцатый век остался в прошлом, но его тени всё ещё бродят по коридорам токийского университета. Студенты-кибернетики Тэнма и Очаномидзу, одержимые идеей создания идеального робота, заперлись в своей лаборатории, заваленной чертежами и деталями. Они не просто собирают машину — они пытаются вдохнуть в неё душу. Их творение, названное Атом, получается невысоким, почти игрушечным, с наивными глазами и невероятной силой. Но главная проблема не в железе. Атом просыпается, но его сознание — чистый лист. Он не понимает, кто он, зачем создан и почему мир вокруг кажется таким сложным. Тэнма, гениальный, но замкнутый, видит в нём лишь эксперимент, а Очаномидзу, более чуткий, пытается научить робота смеяться и грустить. Их студенческая жизнь — это бесконечные дебаты, нехватка денег на запчасти и внезапные поломки, которые грозят уничтожить все результаты.
Однако спокойная учёба рушится, когда в городе начинают происходить странные происшествия. Кто-то использует передовые технологии для краж и саботажа, и следы ведут к военным разработкам, которые Тэнма и Очаномидзу считали давно забытыми. Атом, ещё не умеющий контролировать свои силы, оказывается втянут в эту паутину. Он сталкивается с другими роботами — более старыми, агрессивными, запрограммированными на разрушение. И каждый такой бой заставляет его задавать вопросы, на которые у создателей нет ответов. Почему люди боятся машин? Можно ли научить робота состраданию, если его создали как оружие? Пока профессора спорят об этике, а полиция ищет виновных, Атом делает свои первые, неуклюжие шаги к тому, чтобы стать героем. Но путь этот тернист: ему предстоит понять, что сила без мудрости опасна, а дружба между человеком и машиной — это хрупкий мост над пропастью недоверия.