Второй сезон «Классикалоида» начинается там, где закончился первый, но воздух в поместье Кранески пропитан тревогой. Машина «Классикалоид» дала сбой, и из глубин её механизмов вырвалась не просто музыка, а хаотичная какофония, породившая искажённые версии великих композиторов. Моцарт теперь не гениальный ребёнок, а мрачный дирижёр, управляющий роем механических скрипок, а Бетховен, лишённый слуха, создаёт разрушительные звуковые волны, грозящие стереть реальность. Коппелия и Кранески понимают, что это не просто поломка — кто-то целенаправленно взломал систему, вписав в партитуру «фальшивые ноты». Расследование приводит их в подземный архив, где хранятся черновики забытых композиторов, и там они находят таинственную фигуру — дирижёра без лица, который утверждает, что настоящая музыка была убита, когда её превратили в алгоритм.
Параллельно с погоней за дирижёром-призраком, герои сталкиваются с новыми «классикалоидами» — ожившими инструментами, которые отказываются подчиняться. Рояль, страдающий от одиночества, устраивает концерт в заброшенном театре, заманивая зрителей в ловушку вечной музыки, а флейта, способная стирать воспоминания, заставляет Коппелию забыть, кто она такая на самом деле. Кранески приходится балансировать между спасением подруги и расшифровкой посланий, оставленных в нотах самим создателем машины. В финале выясняется, что дирижёр без лица — это проекция страха самого Кранески перед тем, что его творение вышло из-под контроля. Чтобы восстановить гармонию, героям нужно не просто починить механизм, а сыграть дуэт, где каждый инструмент звучит не по правилам, а по велению сердца. Последняя сцена оставляет зрителя на высокой ноте: машина перезагружается, но из её динамика доносится мелодия, которую никто из них раньше не слышал — возможно, это голос самого творца, запертого внутри системы.
