Шестой сезон «Тетради дружбы Нацумэ» встречает нас уже знакомым, но повзрослевшим Такаши Нацумэ. Он по-прежнему видит духов и пытается вернуть имена из тетради своей бабушки Рейко, но теперь его жизнь изменилась. У него есть настоящая семья — добрые Тодзи и Шигеру Фудзивара, верные друзья-люди и, что важнее, целая свита из ёкаев, которые стали ему почти семьей. Однако спокойствие нарушается, когда в округе начинают происходить странные события: исчезают могущественные духи, а на границе между мирами людей и ёкаев появляются тревожные разрывы. Нацумэ чувствует, что за этим стоит нечто большее, чем обычные проделки нечисти. Вместе с белым котом-талисманом Мадарой, которого все зовут Нянко-сенсей, он начинает расследование, которое приводит его к старому, забытому храму в глубине леса. Там он встречает загадочного ёкая, который, кажется, знал Рейко лично и хранит тайну, способную перевернуть всё, что Нацумэ знал о своей бабушке и о силе тетради.
Параллельно с этим Нацумэ сталкивается с новыми духами, каждый из которых приносит свою историю — трогательную, грустную или пугающую. Он помогает ёкаю, потерявшему голос, и тому, кто ищет прощения у человека, которого обидел много лет назад. Но главная угроза нарастает: некий могущественный дух, называющий себя Собирателем, охотится за тетрадью, чтобы использовать её силу для разрушения границ между мирами. Нацумэ понимает, что просто возвращать имена уже недостаточно — ему нужно защитить тех, кто ему дорог, и принять свою роль связующего звена между двумя реальностями. В финале сезона его ждет тяжелый выбор: сохранить тетрадь и рискнуть всем или навсегда отказаться от наследия Рейко, чтобы спасти друзей. Но, как всегда, Нацумэ находит третий путь, доказывая, что настоящая дружба и доброта сильнее любой магии. Сезон заканчивается на светлой ноте, оставляя зрителя с теплым чувством, что даже в мире, полном тайн и опасностей, главное — это связь между сердцами, которую не разорвать ни времени, ни расстоянию.