Бэтмен, Джокер и другие знаковые злодеи Готэма переносятся во времени и пространстве, оказываясь в феодальной Японии эпохи Сэнгоку. Причина — очередной безумный эксперимент Гориллы Грода, который использует машину времени, созданную на основе технологий Кейна. Тёмный рыцарь приходит в себя в чужом мире, лишённый привычного арсенала и Бэтмобиля. Однако он быстро адаптируется, превращая свой костюм в подобие ниндзя-доспеха и используя местные ресурсы. Вскоре выясняется, что Джокер не просто выжил в этом времени, а сумел захватить власть, объединив разрозненные кланы ниндзя под своим знаменем. Он переписывает историю, уничтожая замки и устанавливая тоталитарный режим с помощью армии роботизированных воинов и психотропного газа, который сводит людей с ума. Бэтмену предстоит не только сражаться с мечами и сюрикенами, но и разобраться в хитросплетениях местной политики, где каждый даймё может оказаться предателем.
В поисках союзников Брюс Уэйн натыкается на Кэтвумен, которая в этом мире стала искусной воровкой и куртизанкой, а также на Робина, превратившегося в юного ронина. Вместе они пытаются добраться до цитадели Джокера, расположенной на вершине горы Фудзи. Но главная угроза кроется не в армии клоунов, а в том, что Джокер нашёл способ синтезировать свой яд с местными алхимическими рецептами, создав вещество, способное подчинять волю целых армий. В финальной битве, где смешиваются технологии будущего и древние боевые искусства, Бэтмену приходится принять помощь от своего заклятого врага — Ра’с аль Гула, который в этом времени является могущественным сёгуном. Только объединив усилия с теми, кого он привык считать преступниками, Брюс сможет остановить Джокера, который намерен не просто уничтожить Готэм, а стереть саму концепцию порядка из истории человечества, превратив мир в бесконечный хаотичный карнавал.
