Прошло десять лет после событий первого фильма. Человечество, наконец, обрело хрупкий покой на очищенной от Скейб Коралловой Земле. Рентон и Эврика, вырастившие троих детей, живут тихой жизнью вдалеке от былых сражений. Но идиллия рушится в одно мгновение, когда на планету обрушивается новая, неведомая угроза — загадочные существа, названные «Земными Богами». Они не просто атакуют, они поглощают саму реальность, стирая города и воспоминания в бесцветную пустоту. В этом хаосе исчезает Эврика, оставляя Рентона одного с вопросами и детьми. Отчаянные поиски приводят его к шокирующему открытию: Эврика не похищена, она сама стала частью этого катаклизма, превратившись в некое подобие «ключа» или «врат» между мирами. Её тело и сознание служат мостом для вторжения, и она постепенно теряет человеческую сущность, растворяясь в чужеродной воле.
Рентону предстоит не просто спасти любимую, но и понять природу «Земных Богов», которые оказываются не столько врагами, сколько отражением давней трагедии — искажённой формой желания самой планеты избавиться от человечества. В попытке достучаться до Эврики, он вновь садится за штурвал Нирваша, но теперь их связь подвергается немыслимому испытанию. Параллельно выясняется, что за исчезновениями стоит тайная организация, использующая технологии прошлого, чтобы манипулировать эволюцией. Рентон вынужден бороться не только с внешними монстрами, но и с внутренним страхом потерять ту, ради кого когда-то изменил мир. В финале, на грани полного уничтожения реальности, он делает невозможный выбор: отпустить Эврику, позволив ей стать частью новой эволюции, или разорвать цикл, пожертвовав всем, что они построили. Эта история — не о спасении мира, а о цене, которую платит любовь, когда сталкивается с безжалостным течением времени и законов вселенной.