Сумерки в Токио — это не просто время суток, а граница, за которой начинается охота. Рен Такахаши, обычный студент-медик, задерживается в университетской библиотеке до закрытия. Когда он выходит на пустынную улицу, привычный мир рушится: из тени бесшумно выходит фигура в длинном плаще, и в следующую секунду Рен теряет сознание. Очнувшись, он обнаруживает, что его сердце больше не бьется, а в груди пульсирует холодный источник силы — Фантомный Импульс. Его спасительница и по совместительству создатель — загадочная девушка по имени Куроэ, которая называет себя Фантомом Сумерек. Она объясняет, что превратила его в оружие, способное уничтожать духов-паразитов, пожирающих человеческие эмоции. Но есть нюанс: Рен может существовать только в сумерках, на стыке дня и ночи, и каждое использование силы сокращает оставшееся ему время.
Рену приходится балансировать между остатками человечности и новой жестокой реальностью. Куроэ, ведомая собственной трагедией, видит в нем лишь инструмент для мести таинственной организации «Полуночный Сад», которая управляет духами. Однако Рен отказывается быть бездушным оружием. Он начинает расследовать прошлое Куроэ и натыкается на шокирующую правду: она сама когда-то была человеком, но пожертвовала своей душой, чтобы спасти брата, который теперь возглавляет «Полуночный Сад». С каждым сражением Рен теряет не только время, но и воспоминания о своей прежней жизни. Когда сумерки сгущаются, а враги становятся сильнее, ему предстоит сделать невозможный выбор: окончательно стать Фантомом и потерять себя, или найти способ разорвать проклятие, даже если это означает исчезнуть навсегда вместе с той, кто подарила ему эту проклятую вечность.
