Юки Нацумэ с детства видит то, чего не замечают другие. В его мире обычные люди идут по своим делам, а рядом с ними бродят ёкаи — духи, демоны и странные существа из японского фольклора. Родители рано погибли, родственники передавали мальчика друг другу, как неудобную вещь, потому что его пугающие рассказы и странное поведение вызывали только раздражение и страх. Никто не хотел верить, что за спиной у тети стоит мокрое привидение, а в школьном коридоре прячется трехглазая тень. В конце концов Юки оказывается в небольшом городке у бабушки, о существовании которой даже не подозревал. В старом деревянном доме он находит запылившуюся шкатулку, а в ней — потрепанную книгу, исписанную иероглифами. Это «Книга друзей» — дневник, который вела его бабушка Рэйко. Она обладала той же способностью, что и внук, и заключала договоры с ёкаями: побеждая их в честном бою, записывала имена в книгу, и те обязывались подчиняться владельцу дневника. Теперь все эти существа, связанные клятвой, считают Юки своим новым хозяином. Одни приходят с просьбами, другие — с угрозами, третьи мечтают вернуть себе свободу, отобрав книгу. Среди них — огромный белый волк по имени Мадока, который поначалу требует уничтожить дневник, но постепенно становится первым настоящим другом Юки и его защитником. Вместе они начинают возвращать имена ёкаям, распутывая истории, которые тянутся из прошлого, и сталкиваясь с теми, кто не готов просто так отпустить свою власть.
Но «Дневник мистических существ» — это не история про битвы и магические артефакты. Это тихое, меланхоличное повествование о том, как подросток, привыкший к одиночеству и недоверию, учится заново выстраивать связи с миром. Каждый эпизод — отдельная встреча с каким-нибудь духом, за которой стоит своя драма: потерянная любовь, невыполненное обещание, давняя обида или трогательная преданность. Юки помогает ёкаям обрести покой, но параллельно решает и свои проблемы. В школе появляются новые знакомые — добродушный одноклассник Китамото, который не боится странностей Юки, и загадочная Тодори, которая тоже чувствует присутствие чего-то потустороннего. Постепенно выясняется, что бабушка Рэйко была не просто эксцентричной женщиной, а человеком, который пытался примирить два мира, и её наследие тяжелым грузом ложится на плечи внука. Юки придется разобраться, почему некоторые ёкаи ненавидят людей, почему его собственная мать отказалась от дара видеть духов и как не потерять себя в бесконечной череде чужих судеб. Аниме наполнено атмосферой японской провинции: шелест листвы, светлячки в летней ночи, старые синтоистские святилища и дождь, который идет, кажется, целую вечность. Это грустная, но светлая история о том, что даже самое одинокое сердце может найти отклик — пусть даже в мире, который большинство людей никогда не увидят.
