Синдзи Хаята, обычный курьер на байке, не подозревает, что его отец, легендарный Ультрамен, погибший много лет назад, передал ему по наследству нечто большее, чем просто имя. Однажды на Токио нападает гигантский монстр, и в момент смертельной опасности тело Синдзи само реагирует, заключая его в биомеханический костюм, созданный по технологиям расы со Световой Небулы. Так он узнаёт, что его отец не был человеком, а сам Синдзи теперь — носитель фактора Ультра, позволяющего управлять броней. Но это не сказка о супергерое. Синдзи не обладает опытом или мудростью пришельца; он обычный парень, которого внезапно втягивают в секретные операции правительственного агентства SSSP, где ему приходится работать бок о бок с циничными учёными и другими пилотами, такими как загадочный и агрессивный Дан Мороцугу. Вместо сражений на крышах небоскребов в лучах солнца, Синдзи сталкивается с корпоративными интригами, бюрократией и шокирующей правдой: монстры, которых он убивает, — это не дикие звери, а мутировавшие люди или искусственные создания, а сам костюм Ультрамена — оружие, которое медленно разрушает его тело и психику.
По мере того как Синдзи пытается совмещать работу курьера с обязанностями пилота, он всё глубже погружается в тёмный мир, где грань между врагом и союзником стирается. Выясняется, что его отец не был героем в классическом понимании — он совершал жестокие и неоднозначные поступки, которые привели к созданию целой сети заговоров. Синдзи приходится сражаться не только с кайдзю, но и с другими носителями Ультра-фактора, каждый из которых преследует свои цели. Особенно напряжёнными становятся отношения с Даном, который видит в Синдзи слабака, недостойного наследия. Вместе они вынуждены расследовать деятельность таинственной организации, стоящей за появлением монстров, и вскоре Синдзи понимает, что его собственная ДНК — ключ к оружию, способному уничтожить или спасти человечество. Это история о том, как обычный парень, мечтающий о спокойной жизни, берёт на себя бремя, которое ему не по силам, и учится принимать жестокие решения, понимая, что быть Ультраменом — значит нести ответственность за ошибки, которые ты не совершал, и жертвовать собой ради тех, кто никогда не узнает твоего имени.
