Действие разворачивается в 2117 году, за два года до событий первого сезона. Система «Сивилла» уже полностью контролирует общество, а Коэффициент Преступности стал незыблемым мерилом человеческой ценности. В департаменте общественной безопасности происходит ряд загадочных смертей. Инспектор Мика Симоцуки, ещё неопытная и полная веры в систему, получает задание расследовать дело о серийных убийствах, жертвами которых становятся люди с высоким, но не критическим Коэффициентом Преступности. Убийца действует с пугающей методичностью, оставляя на местах преступлений странные символы. В ходе расследования Симоцуки сталкивается с необычным подозреваемым — мужчиной по имени Синья Когами, чей Коэффициент Преступности зашкаливает, но который, тем не менее, не проявляет никакой агрессии и ведёт себя как обычный гражданин. Когами утверждает, что он не преступник, а жертва ошибки системы, и предлагает свою помощь в поимке настоящего убийцы. Симоцуки вынуждена пойти на сделку с тем, кого общество считает опасным преступником, чтобы раскрыть правду.
Параллельно развивается линия Энкидзу, молодого и амбициозного инспектора, который также занимается этим делом, но его методы кардинально отличаются от подхода Симоцуки. Он слепо доверяет показателям «Сивиллы» и готов уничтожить любого, чей Коэффициент Преступности превышает норму, не вникая в обстоятельства. По мере того как Симоцуки и Когами продвигаются в расследовании, они выходят на след тайной организации, которая занимается подделкой психопаспортов и манипуляцией системой. Выясняется, что убийца — не просто маньяк, а инструмент в руках тех, кто хочет расшатать устои «Сивиллы» изнутри. Когами, обладая уникальным аналитическим складом ума и знанием теневых сторон системы, становится ключом к разгадке. Но чем глубже они копают, тем больше Симоцуки понимает, что грань между преступником и жертвой, между здоровым обществом и больным разумом становится призрачной. Финал сталкивает её с мучительным выбором: довериться бездушной машине, которая может ошибаться, или последовать за человеком, чей разум объявлен системой смертельно опасным, но который единственный способен увидеть истинную картину происходящего.
